Los fundamentos filosóficos establecidos como base del ordenamiento institucional son los mismos consignados en la filosofía, los principios, la misión, la visión institucional. De ellos se destacan:

1. El colegio San José, es una Comunidad Educativa cuyos estamentos directivos, administrativos, docentes, estudiantes y de padres de familia, se armonizan de manera conjunta para impulsar la filosofía Institucional, dentro de unos parámetros establecidos por el carisma congregacional, las enseñanzas del Evangelio y del Magisterio de la Iglesia.

2. La Institución prestará a la comunidad de la región, el servicio educativo dentro del sistema de Educación Formal.

3. Se concibe la educación como un proceso en el cual los resultados se consiguen a largo plazo y como fruto de integración de las actividades y los procesos generadores por los agentes educativos.

4. Se toma como eje del trabajo formativo, el carácter histórico del ser humano y la sociedad; por ello todas las áreas buscaran las respuestas a las condiciones reales de vida de los miembros de esta comunidad.

5. El colegio San José considera la educación como un proceso de formación integral del ser humano, como sujeto de derechos y deberes, digno, respetable, coparticipe y responsable de la construcción social de la realidad, obligado a promover el bien común, cuyo principio fundamental es el de la solidaridad con los más necesitados.

6. El colegio San José del Barrio Champagnat, ofrece servicios de educación formal en los niveles de Pre-escolar, Básica, Media y algunos servicios en el área tecnológica (Informática y Contabilidad). La metodología a seguir en el proceso de construcción del conocimiento será aprender facilitando y propiciando un amplio desarrollo de creatividad, la reflexión, el análisis, la crítica y la auto-formación dentro de un proceso de investigación individual, colectiva y constante.